Desde 2009 el IFAPA Agua del Pino lidera un proyecto denominado Establecimiento de una red de cooperación transfronteriza para la utilización de sistemas de producción ecológicamente sostenibles en acuicultura (ECOAQUA). Además de este centro, en el proyecto participan el Centro de Ciencias del Mar de la Universidad de Algarve, y el Instituto de investigación de la Pesca y del Mar.
Con la participación de los socios andaluces y portugueses se ha desarrollado un conjunto de actuaciones encaminadas a la cooperación y colaboración respecto a las tecnologías y la investigación de nuevas especies de interés común en acuicultura.
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